Una forma simple de organizar un sistema es separar responsabilidades en capas.

Ejemplo

UI
↓
Gameplay
↓
Data

La UI muestra información.

Gameplay contiene reglas.

Data guarda o proporciona datos.

Ejemplo inventario

InventoryUI
↓
InventoryService
↓
InventoryData

Evitar

UI
→ modifica directamente archivos
→ mueve jugador
→ reproduce audio
→ cambia escenas

Beneficio

Cada capa sabe menos sobre las demás.

Resumen rápido

presentación
lógica
datos

separados cuando el proyecto lo justifica.